司法鑒定合法性原則是指司法鑒定活動必須嚴格遵守國家法律，法規的規定。這是判斷評估過程和結果是否合法以及評估結論是否具有證據效力的前提。

這一原則主要體現在立法和評估過程中的五個方面：認證主體是合法的；認證主體是合法的；認證主體是合法的。認證材料合法；認證程序是合法的；認證步驟，方法和標準是合法的；認證結果合法。

1、司法鑒定機構必須是合法的鑒定機構，該司法鑒定機構有權根據法律，法規和部門規章獲得司法機構在該機構或以上機構批準的司法鑒定權。省級或按照規定程序委托專門的鑒定機構。司法鑒定人必須是自然人，符合規定條件并取得司法鑒定人專業資格的執業許可證。

2、法醫鑒定材料主要是指鑒定對象與要比較的樣品（樣品）。鑒定的對象必須是法律規定的案件中的專門事項，法律未規定的專門事項不能作為司法鑒定的對象。例如，我國現階段還沒有將司法心理判定（俗稱測謊儀）和氣味識別（公犬識別）作為合法的識別對象，其識別結論不能作為證據。此外，身份證明材料的來源（包括提取，保存，運輸，監督等）必須符合相關法律法規的要求。

3、評估程序的合法性，包括提交，決定和執行司法評估，接受，執行，補充評估，重新評估和專家聯合評估，必須符合程序法及其他方面相關法律法規和部門規章制度。

4、識別步驟和方法應經過法律確認和有效，識別標準必須符合國家法律標準或部門（行業）標準。

5、評估結果的合法性主要表現在司法鑒定文件的合法性上。鑒定文件必須具有法律規定的文件格式和所有必要內容，鑒定結論必須符合證據要求和法律規范。